北京针对需要长期门诊治疗、费用较高的大病患者，建立了“门诊特殊疾病”制度，其门诊治疗发生的相关医药费用，按照住院报销比例和报销标准报销，且天内只收取一个起付线。
目前，北京市门诊特殊疾病已达到17种，包括恶性肿瘤门诊治疗、肾透析、肾移植术后抗排异治疗、血友病、再生障碍性贫血、肝移植术后抗排异治疗、肝肾联合移植术后抗排异治疗、心脏移植术后抗排异治疗、肺移植术后抗排异治疗、多发性硬化、眼底病变眼内注射治疗、重性精神病、C型尼曼匹克病、中重度过敏性哮喘生物制剂治疗、肺间质病抗纤维化治疗、肺动脉高压靶向治疗，以及耐多药结核等。
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